El primer uso del término «cine underground» ocurrió en un ensayo de 1957 del crítico cinematográfico estadounidense Manny Farber, «Underground films». Farber lo usa para referir trabajos de directores que «jugaron un rol de anti-arte en Hollywood». Él contrastó con «directores de películas militares-vaqueras-gángster como Raoul Walsh, Howard Hawks, William Wellman», y otros con «menos talentos como De Sicas y Zinnemanns [quienes] continuaron fascinando a los críticos». Sin embargo, como en la «prensa underground», el término se desarrolló como una referencia metafórica para la cultura clandestina y subversiva por debajo de los medios de comunicación legítimos y oficiales.
A finales de 1950s, el «cine underground» empezó a ser usado para describir a los primeros cineastas independientes operando por primera vez en San Francisco, California y la Ciudad de Nueva York, Nueva York, y posteriormente en otras ciudades del mundo, incluyendo London Film-Makers' Co-op en Gran Bretaña y Ubu Films en Sídney, Australia. El movimiento fue tipificado por más cineastas experimentales trabajando en el momento como Stan Brakhage, Harry Everett Smith, Maya Deren, Andy Warhol, Jonas Mekas, Ken Jacobs, Ron Rice, Jack Smith, George Kuchar, Mike Kuchar y Bruce Conner.
A finales de los setenta, el movimiento representó la maduración de esos cineastas, y algunos comenzando distanciándose de las connotaciones contraculturales y psicodélicas de la palabra, prefiriendo términos como vanguardista o experimental para describir sus trabajos.
A través de los años 1970 y 1980, sin embargo, el «cine underground» se mantendría ser usado para referir al margen más contracultural del cine independiente. El término fue abarcado más notoriamente por Nick Zedd y otros cineastas asociados con Cinema of Transgression y No Wave Cinema, asentados en Nueva York, desde finales de los setenta a inicios de los noventa.
A inicios de los años noventa, el legado del Cine de Transgresión trajo una nueva generación, que equiparía el «cine underground» con el arte transgresivo, producciones de bajísimo presupuesto creadas en desafío a las versiones comercializadas del cine independiente ofrecido por distribuidores recientemente ricos como Miramax y New Line, así como el institucionalizado cine experimental canonizado en grandes museos. Este espíritu definió los primeros años de los festivales de cine underground (como los festivales en Nueva York, Chicago, Melbourne, Sídney, Hamilton, el Festival de Imágenes en Toronto, y otros), cines como Film Threat, así como los trabajos de cineastas entre ellos Craig Baldwin, Jon Moritsugu, Carlos Atanes, Sarah Jacobson, Johnny Terris y Bruce La Bruce. En Londres, el resurgimiento underground emergió como un movimiento de los clubes de cine underground que incluyen al radical grupo abierto Exploding Cinema.
